本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民(🔡)的阿玛(📬)塔‧空，在播(🆒)放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇(🏂)到看一次就迷上电影的御(🅿)子乃‧铃白，二人后来亦因为(📢)这个话题(🧦)而开始到城中闲逛。这时(⛲)候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有(🏄)停(🔽)过(💉)的攻击(🎞)，不同(🥣)的是今次出现了新型Abductor，令人类一方(💙)——由圣天(💉)使学园学(🍝)生操(🍘)控的机械天使(🔝)Aquaria没法招(🍠)架。战火(🐢)很(🚤)快波及到刚刚认识的二人，阿(✴)玛塔在危(🖱)急关头(😈)使(📭)用身体潜在的Element能力飞(🕎)走，却又突(🛤)然被(🏬)Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……(🚱)终焉所引导(📣)的神话;将在这开始！创圣的大天(🎬)使创圣的大天(🚼)使创圣(📎)的大(🔪)天使